Но уголь, как и жизнь, не вечен. К началу 1990-х годов запасы шахты истощились, а добыча стала убыточной. В 1993-м году правительство приняло решение о ликвидации неперспективных шахт Воркутинского района, и Хальмер-Ю попал в списки первым. В 1995-м году шахта была закрыта, а вместе с ней умер и посёлок. Людей начали спешно расселять, обещая квартиры в других городах страны. Но не все смогли уехать: старики, инвалиды и одинокие люди отказывались покидать родные стены. Тогда власти пошли на беспрецедентный шаг – жителей, отказывавшихся выезжать, стали выселять принудительно, через суд. Последняя жительница Хальмер-Ю, пожилая женщина по имени Прасковья, покинула посёлок в 1999-м году. Так город официально перестал существовать.
Однако это ещё не конец истории. В 2005-м году, во время учений дальней авиации, стратегический бомбардировщик Ту-160 сбросил на опустевший посёлок несколько авиабомб. Официально это было частью отработки бомбометания по наземным целям, но местные жители до сих пор вспоминают это событие с содроганием. Говорят, что бомбили не просто посёлок, а «выжженную» территорию, на которой собирались построить что-то новое, но не срослось. Руины, оставшиеся после бомбёжки, запечатлены на множестве фотографий и стали символом полного и окончательного уничтожения Хальмер-Ю.